1. Писане на програми на Perl с ДНК и протеини. Програмите описват ДНК към РНК, свързани последователности, обратно допълнение на ДНК, четене на последователности от данни от файл и т.н.
2. Основи на езика Perl с програми, които търсят ДНК мотиви или протеини, взаимодействат с потребителя чрез клавиатура, записват данни във файлове, използват цикли и условни тестове, използват регулярни изрази и работят върху низове и масиви.
3. Подпрограми, които са важен начин за структуриране на програмите, и използването на дебъгер на Perl, който може да прегледа всеки детайл в стартирана програма на Perl.
4. Генни мутации, основни за биологията са моделирани, като случайни събития използвайки генератор на случайни числа в Perl. Тук се използват случайни числа за генериране на данни за ДНК последователности и за повторно мутирала ДНК последователност. Цикли, подпрограми и лексикални похвати.
5. Как да се конвертира ДНК към протеин, използвайки генетичен код. Сортирани и несортирани масиви, двоично търсене, релационни бази от данни и DBM. Как се управлява форматирана с FASTA последователност от данни?
6. Представяне на регулярните изрази на Perl. Основният фокус е върху развитието на програма за пресмятане ограничителна карта за ДНК последователност.
7.  The Genetic Sequence Data Bank (GenBank) е основата на съвременната биология и биоинформатика. Как да извличаме информация от файловете и библиотеките в GenBank.
8. Как се парсва Protein Data Bank (PDB) файлове? Някои интересни Perl техники като търсене и итерация върху множество от файлове.
9. Морфологичен разбор на BLAST външен файл. Засяга се и проекта Bioperl и неговия BLAST морфологичен анализатор и допълнителни начини да се форматира изхода в Perl.

Препоръчителна литература

J. Tisdall, Beginning Perl for Bioinformatics, O‘ Reilly, 2001